中注協的主要職責是：(一)審批和管理本會會員，指導地方注冊會計師協會辦理注冊會計師注冊;(二)擬訂注冊會計師執業準則、規則，監督、檢查實施情況;(三)組織對注冊會計師的任職資格、注冊會計師和會計師事務所的執業情況進行年度檢查;(四)制定行業自律管理規范，對會員違反相關法律法規和行業管理規范的行為予以懲戒;(五)組織實施注冊會計師全國統一考試;(六)組織、推動會員培訓和行業人才建設工作;(七)組織業務交流，開展理論研究，提供技術支持;(八)開展注冊會計師行業宣傳;(九)協調行業內、外部關系，支持會員依法執業，維護會員合法權益;(十)代表中國注冊會計師行業開展國際交往活動;(十一)指導地方注冊會計師協會工作;(十二)承擔法律、行政法規規定和國家機關委托或授權的其他有關工作。

　　中注協積極探索行業管理的規律，加強面向注冊會計師和非執業會員的服務、監督、管理、協調職能建設，建立完善了行業管理和服務體系，即以服務經濟社會為導向的鑒證服務體系，以勝任能力為導向的考試評價體系，以嚴把“門檻”為導向的注冊準入體系，以國際趨同為導向的執業標準體系，以終生學習為導向的繼續教育體系，以誠信道德和執業質量為導向的監督檢查體系，以事務所“走出去”為導向的國際合作體系，以做強做大為導向的發展戰略體系，以政治保證為導向的黨建工作體系，以服務監督管理協調為導向的行業組織體系。

　　截至2019年6月30日，中注協有單位會員(會計師事務所)9118家，其中，有40家證券期貨資格會計師事務所，獲準從事H股企業審計業務的內地大型會計師事務所11家。個人會員超過26萬人，其中，注冊會計師107483人，非執業會員153891人。中注協現有資深會員2818人，名譽會員17人。目前，全國具有注冊會計師資質的人員超過26萬人，全行業從業人員近40萬人。注冊會計師行業服務于包括3000余家上市公司在內的420萬家以上企業、行政事業單位。

　　中注協分別于1996年10月和1997年5月加入亞太會計師聯合會(CAPA)和國際會計師聯合會(IFAC)，并與50多個境外會計師職業組織建立了友好合作和交往關系。

　　中注協最高權力機構為全國會員代表大會，全國會員代表大會選舉產生理事會。理事會選舉產生會長、副會長、常務理事會，理事會設若干專門委員會和專業委員會。常務理事會在理事會閉會期間行使理事會職權。協會下設秘書處，為其常設執行機構。

　　目前，理事會下設11個專門(專業)委員會。分別為戰略與財務委員會、注冊管理委員會、教育培訓委員會、審計準則委員會、職業道德準則委員會、專業指導委員會、懲戒委員會、申訴委員會、法律援助與權益保護委員會、中小會計師事務所委員會、行業信息化委員會。

　　中注協秘書處設15個職能部門，包括：黨委辦公室(綜合部)、考試部(財政部注冊會計師考試委員會辦公室)、注冊部、繼續教育部、專業標準與技術指導部、業務監管部、研究發展部、國際及港澳臺事務部、行業黨建工作部、統戰群工部、期刊編輯部、信息技術部、人事部(紀委辦公室)、財務部、服務部。