在計算繳納土地增值稅時，與轉讓有關的稅金允許扣除，該稅金是指在轉讓房地產時繳納的營業稅、城市維護建設稅、教育費附加、印花稅。

　　財稅字【1995】48號文件第十條規定：轉讓環節繳納的稅金對于個人購入房地產再轉讓的，在其購入時已繳納的契稅，在舊房及建筑物的評估價中已包括了此因素，在計征土地增值稅時，不另作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除。

　　財稅【2006】21號文件第二條規定：納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條第(一)、(三)項規定的扣除項目的金額，可按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準予作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數。

　　綜上，該契稅是否能扣除，主要看繳納契稅時被歸屬什么項目及是否取得合法有效憑證。

　　根據財政部、國家稅務總局《關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》第十一條規定：對于個人購買房地產再轉讓的，其在購入時已繳納的契稅，在舊房及建筑物的評估中已包括了此項因素，在計征土地增值稅時，不另作為"與轉讓房地產有關的稅金"予以扣除。

　　與轉讓房地產有關的稅金是指在轉讓房地產時繳納的營業稅、城建稅、印花稅。因轉讓房地產繳納的教育費附加，也視同稅金予以扣除。契稅不作為“與轉讓房地產有關的稅金”，不予扣除。

　　根據《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》(國稅函[2010]220號)第五條規定，房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同按國家統一規定交納的有關費用，計入取得土地使用權所支付的金額中扣除。

　　根據《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》(財稅字〔1995〕48號)規定：“十一、關于已繳納的契稅可否在計稅時扣除的問題對于個人購入房地產再轉讓的，其在購入時已繳納的契稅，在舊房及建筑物的評估價中已包括了此項因素，在計征土地增值稅時，不另作為‘與轉讓房地產有關的稅金’予以扣除。”

　　根據《土地增值稅暫行條例》第六條和《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條的規定，對于企業因違約而承受的處罰性開支，如土地閑置費及契稅滯納金等，不屬于按稅法規定正常開支的成本費用和國家統一規定交納的有關費用，以及在轉讓環節繳納稅金的范疇，不能作為扣除的項目金額。因此，在計征土地增值稅時不能作為正常的成本費用支出予以扣除。