1，納稅人丟失空白專用發票，應根據《發票管理辦法實施細則》第三十一條規定：“使用發票的單位和個人應當妥善保管發票。發生發票丟失情形時，應當于發現丟失當日書面報告稅務機關，并登報聲明作廢”。
因此，納稅人丟失專用發票后，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告。納稅人應將丟失專用發票的納稅人名稱、發票份數、字軌號碼等情況，向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢，然后填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失專用發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：(五)未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。
2，納稅人丟失空白普通發票后，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告，丟失普通發票的納稅人必須自行到轄區內的地級市報刊上刊登“丟失聲明”，然后填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續。
稅務機關對丟失空白普通發票的納稅人，可以按《發票管理辦法》第三十六條“違反發票管理法規的行為包括：(五)未按照規定保管發票的”情形，由稅務機關責令限期改正，可以并處1萬元以下的罰款。
(一)丟失(被盜)發票原因(或經過)的書面材料，至少應當包括詳細說明丟失(被盜)發票的種類、數量、代碼、起止號碼、已使用份數、未使用份數及蓋章情況。并由法定代表人簽字，加蓋單位公章、代碼章。
(二)如果屬于被盜、被搶的，要由公安機關出具的報案證明。
(三)在符合要求的公開發行的報刊辦理登報掛失聲明。
1.丟失空白增值稅專用發票
根據《發票管理辦法實施細則》第三十一條規定，企業丟失專用發票后，必須按規定程序向當地主管稅務機關報告。納稅人應將丟失專用發票的納稅人名稱、發票份數、字軌號碼等情況，向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢(通常情況下，增值稅專用發票丟失被盜的，應當在《中國稅務報》登報聲明作廢)，填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡、稅控盤等稅控設備、相關報紙、登報發票等資料到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續，并接受稅務機關按照管理辦法規定所作出的處罰。
2.丟失空白普通發票
按規定程序以書面形式向當地主管稅務機關報告，并在轄區內的地級市報刊上刊登“丟失聲明”(如《深圳特區報》等)，填報《發票丟失被盜登記表》，持IC卡、稅控盤等稅控設備、相關報紙、登報發票到國稅主管機關辦理電子發票退回或作廢手續，并接受稅務機關按照管理辦法規定所作出的處罰。
3.丟失已開具的增值稅專用發票的處理
企業將已經填開的增值稅專用發票丟失，應主要依據《國家稅務總局關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》(國稅發〔2006〕156號)第二十八條和第二十九條的規定處理。根據丟失發票的聯次和丟失時是否認證等情況，具體處理可以細分為下面幾種。
4.同時丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯
一般納稅人同時丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
5.丟失已開具專用發票的發票聯
一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。
6.丟失已開具專用發票的抵扣聯
一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯復印件留存備查。
一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查。
7.納稅人丟失已開具專用發票記賬聯
如果發票開出后尚未寄出，開票單位可以將發票聯復印，作為記賬憑證;若已寄出，可使用專用發票發票聯復印件，與從金稅卡或稅控盤中重新打印一次的記賬聯，作為記賬憑證。
8.丟失專用發票全部聯次
納稅人在認證前丟失增值稅專用發票全部聯次，按丟失空白專用發票處理。
9.納稅人丟失已開具的普通發票處理
普通發票丟失，關系到取得發票一方是否能稅前扣除的關鍵涉稅事項，必須依法處理。
納稅人丟失已開具的普通發票的發票聯，應根據《發票管理辦法實施細則》第三十一條規定，使用發票的單位和個人丟失發票，應于發票丟失當日或次日(節假日順延)書面報告主管稅務機關，并向主管稅務機關指定的報刊等媒介刊登公告聲明作廢。納稅人丟失發票辦理丟失聲明的，必須在具有全國報刊號的報紙上刊登。
開具發票一方丟失已填開的發票聯，應重新開具發票交對方入賬。重新開具發票時，應在備注欄填寫丟失發票的客戶名稱、發票種類代碼和號碼、金額，開票單位。開具發票方記賬時附上丟失發票的其他聯次作為合法入賬憑證。
取得發票一方丟失已填開的發票聯，應取得原簽發單位蓋有公章的證明，并注明原來發票號碼、金額和內容等，由經辦單位負責人批準后，才能代作原始憑證。
發票存根聯或記賬聯的復印件只能作為原始憑證的附件，不能直接代作原始憑證。發票復印件經提供原件的單位注明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章后，方可作為原始憑證。
納稅人將在稅務局代開發票的發票聯或記賬聯丟失，可向開具發票的稅務機關申請出具開具發票證明，說明取得發票單位名稱、購貨或服務的單位數量、單價、規格、大小寫金額、發票字軌、發票編碼、發票號碼等的書面證明，或要求開具發票的稅務機關提供所丟失發票的存根聯復印件，經主管稅務機關審核后，可作為合法憑證入賬。
納稅人丟失存根聯或記賬聯的，應取得發票聯復印件，發票復印件經提供原件的單位注明“此件是我單位提供，與原件相符”，加蓋公章后，方可作為原始憑證。
納稅人丟失普通發票全部聯次的，按丟失空白普通發票處理。
