實行查賬征稅辦法的個人獨資企業和合伙企業的個人投資者的生產經營所得比照“個體工商戶的生產、經營所得”稅目征收個人所得稅。個體經營所得稅計算方法為：
個體經營應納稅額=應納稅所得額×適用稅率-速算扣除數；
應納稅所得額=收入總額-成本、費用及損失-起征點；
其中：
個體工商戶的收入包括：個體戶從事生產經營以及與生產經營有關的活動所取得的各項收入。
稅前扣除的成本、費用及損失包括：個體戶從事生產經營所發生的各項直接支出和間接費用以及銷售費用、管理費用、財務費用和各項營業外支出。
需注意的是，個體工商戶和從事生產經營的個人，取得與生產、經營活動無關的其他各項應稅所得的，應分別按照有關規定計算征收個人所得稅，如個體工商戶對外投資取得的股息所得，應按“利息、股息、紅利所得”稅目納稅。
